枋寮義民廟的建廟原因，肇因於西元1786年(乾隆五十一年)的林爽文事件，林爽文起事於彰化大里杙(今台中縣大里市)，其北路軍王作攻陷竹塹城，淡水同知程竣殉城。林軍為搶奪糧倉地區而進攻客家莊之六張犁(竹北市東平里)與員山仔(竹東鎮員山里)一帶，客家先民奮起護衛鄉土而組織一千三百餘人之義民軍與戰，不但擊敗敵軍，還應竹塹城內泉籍民眾之請，裡應外合，收復竹塹城。其後又會同泉籍、平埔族義民南下協助官兵平亂，其間有兩百餘名義民殉難，後由領導人林先坤、劉朝珍、王廷昌等收集忠骸，以牛車載回。原欲歸葬大窩口(今湖口鄉)，車行至枋寮現址，牛停步不進，乃焚香禱告後，擲筊杯求示於義民爺。義民爺意欲卜葬於此，便在1788年(乾隆五十三年)由戴元玖捐地，建義民塚於枋寮山之「雄牛睏地穴」。翌年在塚前建立義民廟，1790年冬(乾隆五十五年)冬，竣工完成，乾隆皇帝頒「褒忠」御筆敕旨，故義民廟又名褒忠亭。
義民廟祀典原由林先坤等施捐田租米穀以經辦，並於1835年（道光十五年）立「敕封粵東義民祀典簿」。至1842年九芎林姜秀鑾具帖請得新埔街榮和號等業戶輪值經理。1847年，林茂堂等十七人具帖邀請新埔街、九芎林、石岡子、大湖口等四庄士紳倡議將廟產交由四大庄輪流管理，並負責春秋二祭，三年一輪，週而復始。自1847年至1858年前後共十二年間，四大庄各輪值三年。1859年理應輪回大湖口經理義民廟祀典，然而大湖口並未輪任，反而由新埔街續任。且直到1864年，新埔街連任三次經理，前後九年。就在義民廟輪值經理制的崩潰邊緣，1862年（同治元年）彰化發生所謂「戴潮春亂」，大湖口第一任總理戴拾和之戴朝楨，組義軍討伐。獻身死義者多達百餘位，於是再營附塚於原義民塚旁。1865年林劉兩施主子孫，再度邀集四大庄士紳，提議恢復四大庄三年輪任經理之制度。至此，輪庄制度再度確立，而且由四大庄、十一大庄、十三大庄、十四大庄、到今日十五大庄輪值經理。1895年（光緒二十一年）清廷割讓臺灣，義民廟毀於戰火。大湖口庄輪值經理徐景雲、傅萬福及張坤和等，號召信眾重建義民廟，至1904年（日本明治三十七年）重建落成。
從以上簡史看來，大湖口在義民廟發展歷史上，顯然扮演相當關鍵的角色。目前在湖口三元宮正殿右廳，供奉有枋寮義民廟「褒忠」牌，係民國72年湖口聯庄輪值義民廟祭典時，自枋寮迎請至廟內。因此，從比較嚴格的觀點，湖口三元宮雖然與新埔枋寮義民廟關係密切，但是湖口三元宮並未奉祀義民爺，信徒無法到湖口三元宮膜拜義民爺。