大湖口的媽祖信仰和三官大帝信仰一樣悠久，在賜福嘗成立的時候，聖母會也同時成立了。而且媽祖不只做為庄內及家戶信仰之對象，更是庄際聯合的重要信仰媒介。直至今日，媽祖雖非湖口三元宮之主祀神，但是在每年的進香與遊庄，阿師發現她才是三元宮活動力最強的神明。
天上聖母即民間通稱的「媽祖」，或稱「天后」，湖口則稱為「媽婆」。關於媽祖的由來，依據西元1752年（乾隆十七年）重修之台灣縣志所記載，媽祖姓林，世居於福建湄洲島，父名林愿，官至巡檢；母王氏，原已育有五女一男，至西元952年（宋建隆元年）三月二十三日日又生一女，名曰九娘，因至彌月尚無啼聲，故又名曰默娘。
林默娘自小喜愛燒香禮佛，八歲就學即能理解書中義理，十三歲從道士元通處學法，十六歲觀井得符，傳說她能以草蓆漂浮於海上以救人，至二十八歲昇化。化仙後常雲遊各島，禮人建廟拜拜，有求必應。自宋直下元、明、清各廟，歷代君主均封天上聖母神號，如宋朝宣和年間御贈順濟廟，紹熙年間贈靈惠妃，景定年間贈助順顯衛英烈協正善慶妃；明朝永樂年間贈護國庇民妙靈昭應宏仁普濟天妃；清朝康熙間贈寺天后，乾隆間贈靈彗昭應崇福夫人；如今則在海峽兩岸被視為海上和平女神。
臺灣媽祖信仰非常興盛，向來有所謂「三月瘋媽祖」的說法，比較著名的媽祖廟有北港朝天宮、新港奉天宮、鹿港天后宮、大甲鎮瀾宮等。近來年更因為各主要媽祖之間競相作為臺灣媽祖正統以及海峽兩岸媽祖交流活動等因素，使得臺灣的媽祖信仰更趨蓬勃。大甲鎮瀾宮一年一度的謁祖、進香及遶境活動，更是緊緊地抓住全臺灣人的視線。
一百年前大湖口要建廟的時候，地方鄉紳必定曾經反覆深思：到底大湖口應該建三元宮？還是媽祖廟？為什麼最後選擇了三元宮，而非媽祖廟呢？阿師老師認為應該是週邊地區的影響所致。前文已經提及，大湖口三元宮建廟之時，附近地區正籠罩在整修三元宮的氛圍；再加上大湖口庄自拓墾以來即已祀奉三官大帝老爐，因此三官大帝脫穎而出，作為大湖口村廟的主祀神。至於媽祖則共同列在正殿，作為陪祀。