隨著廟務之興隆，參加拜斗儀式、安太歲及點光明燈之信眾大量增加，三元宮之收入亦逐年增加。由於原初簡單的香公制度已經無法應付日趨複雜的廟務，地方士紳乃倡議建立合理的廟務管理制度。1981年（民國七十年），湖口三元宮初次設置管理人，於是廟史正式進入管理委員會的時代。
初期僅設廟務管理人一人，由當時的湖鏡村長詹益森兼代。管理人制度建立之後，仍然未能解決早期香公制度的疑慮，於是村內士紳建議採行合議方式的管理委員會制度。1990年（民國七十九年）湖口三元宮正式成立管理委員會，並向縣政府登記成立，首屆委員會互選出羅美搖先生為主任委員。至此，一個比較合理的廟務經營模式於焉產生。