「香旗」是臺灣民間個人或家庭代表神明靈威的信物。進香時香客們往往手持香旗和香，一路跟隨在主神之後，活動結束後則供於家中神明桌上。湖口三元宮轄區內，有兩支媽祖婆香旗，歷史悠久，早在建廟之前就已為信士所奉祀。直到今日，仍每年隨著廟裡的媽祖婆，往北港朝天宮進香，並於返宮後，繼續安放在廟內的香旗筒中，直至正月下旬才隨著其他香旗，陸續由家戶攜回。一支香旗其實不只是一支香旗，它飽涵著虔誠的信約與祈福，而且隨著光陰流轉，持香旗的手抱過子女之後，又抱過孫子，送走父母之後，也送走老伴。同樣的一支香旗，卻承載了更多的故事。
目前老湖口最古老的香旗是黃德順香旗，本香旗目前黎添進所有，旗文如下：
明治四拾貳年已酉歲桐月十五日，竹北二堡太平窩庄沐恩弟子黃德順暨合家誠心祀奉。
黃德順係太平窩人，太平窩在行政區域上屬於新埔鎮，與本鄉之糞箕窩一嶺之隔。黃德順於西元1909年三月起祀奉本香旗，德順無子，本香旗後來由其贅婿黎添進繼承。添進目前居住於湖口三元宮轄區內的糞箕窩尾，香旗沿用至今已超過九十年，很可能是湖口歷史最久的香旗。此外，尚有張承昌香旗與民國同壽（1911年至今），旗文如下：
天運辛亥年元月谷日吉旦，竹北二堡長崗嶺庄信士張承昌合家誠心敬奉