元宮的裝飾包含三種形式：泥塑、彩繪與雕刻。其中三川殿石雕、木雕、泥塑極為精緻，可稱精品。至於雕刻方面包含石雕與木雕，石雕又分為浮雕及立體雕刻兩大類。
三元宮的裝飾包含三種形式：泥塑、彩繪與雕刻。其中三川殿石雕、木雕、泥塑極為精緻，可稱精品。至於雕刻方面包含石雕與木雕，石雕又分為浮雕及立體雕刻兩大類。
泥塑與剪黏是台灣傳統廟宇常見的裝飾工藝，通常施作於屋頂。湖口三元宮廟頂的泥塑剪黏即為民國五十六年重修時所作，技法平實。三川殿屋脊的形式稱為三川脊，中央部份增加兩道脊，使得立面成為三重脊，以增加廟宇的莊嚴與宏偉。三川殿的屋脊有雙龍搶珠，雙龍位於兩側次間，龍珠置於中央明間。中央脊堵部份鏤空，增加變化情味，泥塑以八仙過海為主題，上方左右各以麒麟裝飾，下方則為游魚蝦蟹，正反兩面皆同。兩側脊堵剪黏獅象與花草，上下馬路則有泥塑人物。至於兩邊廂房之屋頂也做成翹脊，也以飛鳥花草為題，略作裝飾。
彩繪則裝飾在所有的木結構上：三川殿門神之彩繪，繪工精緻，係以工筆白描按金作法施作，形態威猛，造型及用色均為上等佳作。通樑之彩繪以卷草紋化色處理，樑枋以蘇式彩繪山水人物為主題，堵頭題上詩句。通樑上承之獅座象座雕刻，以按金及化色方式處理，局部並輔以白描手法，繪出其面部神韻。束隨及通隨之花罩彩繪則以漸層之化色手法表現立體層次，配色採青綠系統，與枋樑之紅黃橙金等暖色系統區隔。
石雕集中在三川殿，浮雕分佈於龍虎堵、正面排樓及山墻等部位。三川殿步口廊由於是廟宇的入口，故雕刻最為精緻。步口廊的立面稱為「排樓」面，其中又可區分為中門、龍門、與虎門三扇門組。一扇門組可以區分為內外兩層，內層為門框柱，以雕刻對聯為主；外緣則可稱為門堵，雕刻蟲魚鳥獸、花草樹木，又可區分頂堵、身堵、腰堵、裙堵與櫃檯腳五個部份。中門的門邊又可稱為「麒麟堵」，身堵部份為以仙人白鶴為題材的透雕，裙堵則為麒麟圖案。龍門與虎門兩邊共四面門堵，四片裙堵上，分別浮雕四只花瓶，取「瓶」與「平」同音之意；瓶內各插「蘭、荷、菊、梅」，象徵四季平安。至於身堵的部份由左至右，分別介紹如下：龍門左身堵上刻蝙蝠、香爐與獅子，取福祿時時之諧音；龍門右身堵與虎門左身堵，分別雕刻喜鵲、桃子與石榴，象徵喜慶多子多孫。虎門右身堵浮雕一隻背著大花瓶的大象，取太平有象之意。至於三川殿步口廊兩側的龍堵與虎堵則分別刻上「蒼龍教子」與「猛虎戲子」。
立體石雕則見於三川殿步口廊楹柱及獅座，形制純樸，不尚華麗，承續清朝中葉以前風格。雙龍搶珠石雕龍柱，每柱一條龍，一邊龍頭在上，另一則龍身朝下，龍頭回轉，是著名的「翻天覆地」式佈局。上有鶴，啣靈芝，暗指長壽如意。門前一對石獅門枕，左邊的是張嘴的公獅，嘴裡一顆石球，每個湖口的孩子都曾把玩過；至於右邊則是閉嘴的母獅，慈祥地愛撫著小獅。龍虎門兩側的門枕石也刻上花草圖案，不過風化及人為破壞十分嚴重。
木雕則散見於結構用材之通樑與枋，以及等聯繫用構件束隨、通隨與雀替上，而其中又以三川殿出拱的吊筒為表現重點。木雕多採透雕，施工細緻，在圖案題材上，大量採用卷草紋、夔龍、螭虎及花草等形制。構圖上可稱精美，出拱吊筒雕飾稍嫌單調，但表現在束隨、雀替等部份木雕構件，卻多為佳作。值得注意的是，在三川殿通樑上之獅座、象座及鰲魚等立體木雕，構圖具有力感，神情威猛靈活，實屬上乘。