模雖小，但格局嚴謹，形制完整。平面格局為兩進式，包括三川殿及正殿，左右兩廂房皆有配殿。這樣的外觀形式可以稱為「一顆印」式格局。
三元宮規模雖小，但格局嚴謹，形制完整。平面格局為兩進式，包括三川殿及正殿，左右兩廂房皆有配殿。這樣的外觀形式可以稱為「一顆印」式格局。
三川殿與正殿平面格局較廂房為大，且其屋頂高度亦高於廂房。位於正殿中央之明間與兩側之次間在高度上皆高於最外側之稍間，而且在平面上亦略見突出。廂房方面，明間奉祀神明，其次間則作為雜物間或辦公室。這一整體配置形式，完全符合傳統廟宇建築「中道為尊」的倫理位序。
廂房與迴廊合併，形成廂房配殿，迴廊之設置突顯了天井的神聖性，信徒至正殿朝拜，必由迴廊通過，不得穿過中庭。三川殿、正殿、廂房及迴廊構成一個整體形式，圍塑出天井的神聖合院形制。
三川殿以三開間格局分為明、次間，入門又以四點金柱形塑拜殿之空間領域；正殿之平面亦遵循四點金柱正堂參拜的神聖格局。其後設神龕，其前置步口拜亭，步口空間以獨立暗厝形塑卷棚空間。正殿四點金柱雖以磚柱及RC樑形制建構，但施工精緻，並未損及此一空間的神聖性。廂房及迴廊空間雖為次要建築，但依現況之格局，迴廊以木構卷棚架棟，與廂房內空間區隔，突顯廂房空間之獨立性，同時也彰顯了迴廊的精緻。