上文從形制方面分析三元宮「一顆印」的空間安排，下文繼續由外而內，由下而上，從構造與材料的角度，更細緻地分析三元宮的空間構成。
上文從形制方面分析三元宮「一顆印」的空間安排，下文繼續由外而內，由下而上，從構造與材料的角度，更細緻地分析三元宮的空間構成。
三川殿採傳統抬樑式木構架棟，內外出雙步架，架內為二通三瓜構造，架外則屬一通一瓜構造。通樑之下的通隨皆有透雕裝飾；金柱與大通之間，也就是所謂雀替，則嵌有立體雕魚龍；大通上承四金獅，殿內與殿外步通上則皆承吉象。以形制而言，三川殿的木構架棟構造相當華麗，雕飾精緻，用料宜屬上乘。
廂房構造以磚壁及泥磚壁圍塑空間，其上承木構桁檁，但廂房與迴廊之間仍以木柱及枋樑、板屏作出傳統內隔間界面，以區隔內外。
迴廊木構採暗厝卷棚作法，以雙童柱支承雙中脊，並以束仔及吏隨裝飾構架，其上並有弧形桷木，以此構造突顯廊道的重要性。廊道空間中另有石柱及磚柱支撐半木柱，一來可防中庭雨水對木柱的侵蝕，二來提昇廊柱的神聖性格。
正殿構造為三元宮的另一特色，依傳統廟宇規制，正殿之構造及用材應為最尊貴之處，但三元宮正殿採用磚柱形制，並以其取代「四點金柱」之布局位置。在磚柱之間以RC樑形塑托腳式楣樑，形成「磚拱
」之意象。由於其砌磚技術細緻，磚拱形制精良，從磚材溝縫及砌工研判，皆非後期改建，應屬原貌。三元宮這種正殿構造及用材形制，是相當罕見的。可能是日據大正年間修築本宮時，匠人意在表現當時最為進步的構造技術及材料。
至於屋頂構造方面，則採用燕尾翹脊形制。三川殿以「假四垂」形制強化明間的神聖性格，此種作法也在兩廂重覆出現。屋瓦鋪設方面，三川殿及兩廂採用釉面筒版瓦，正殿則舖紅版瓦，山墻設鳥踏及懸魚。從屋面形制而言，三元宮的屋頂高度確實遵循了空間的神聖位序，依次論高低而排列，形成屋頂錯落有致的形貌。