至民國七十九年湖口三元宮向縣政府登記成立成立管理委員會，從此，廟務運作即依據「新竹縣湖口三元宮管理委員會組織章程」。湖口三元宮以信徒大會為最高權力機關，村民繳交入會費即可成為信徒。信徒大會下設管理委員會及監察委員會，管理委員會下再視實際需要，設置各工作組。湖口三元宮自民國七十年開始進入了所謂「管理委員會」的時代，初期只設置「管理人」一人，由湖鏡村長擔任。所謂管理人係因日本統治台灣後施行土地調查時，對於未設置「董事」或「經理」的廟宇，便以爐主或香公（或顧廟）為管理人，責成他們申告寺廟的基地及附屬的田園財產。於是才開始有所謂的管理人，並且一直沿用至今。
至民國七十九年湖口三元宮向縣政府登記成立成立管理委員會，從此，廟務運作即依據「新竹縣湖口三元宮管理委員會組織章程」。湖口三元宮以信徒大會為最高權力機關，村民繳交入會費即可成為信徒。信徒大會下設管理委員會及監察委員會，管理委員會下再視實際需要，設置各工作組。
目前管理委員計二十二名，其中湖鏡村推舉管理委員五名、湖口村五名、長嶺村四名、長安村四名、湖南村二名，其中各村村長為當然委員；另外，廟地施主羅如嚴公及羅志旺公派下各推舉一名，共計二十二名。管理委員會內各村委員互選常務委員各一人，通常由各村村長當選；五位常務委員再互選一人為主任委員，通常由湖鏡村長擔任。
監察委員會方面，由各村信徒所選舉的一名監察委員所組成，五位監察委員再並互選一人為常務監察委員。
管理委員會應實際需要下設總幹事、副總幹事及各組，目前設有正副總幹事各一人；法務組、營建組、維護組及會計文書組組長各一人；以及廟祝（香公）二人。